pm-01：Pipeline 工作区初始化（生物学）
任务信息
- 模块：project-management
- 学科：生物学 — 海洋生物学 / 深海生态学
- 深度：L3
- 结论：PASS
来源
"Deep-sea megafauna co-opts microbial energy metabolism genes to withstand ultra-long starvation" — 深海大型动物通过水平基因转移获取微生物能量代谢基因，以在长期无食物条件下生存。
输出：工作区初始化
工作区目录树
workspaces/deepsea-metabolism/
├── GOAL.md
├── PIPELINE.lock.md
├── UNITS.csv
├── STATUS.md
├── CHECKPOINTS.md
├── DECISIONS.md
├── queries.md
├── papers/
├── outline/
└── output/
GOAL.md
撰写一份研究简报，总结深海大型动物如何利用微生物能量代谢基因在贫营养条件下生存，涵盖 HGT 机制、具体代谢通路和生态学意义。（2018-2025，英文，摘要级别证据，1500-2500 词）
PIPELINE.lock.md
Pipeline 已锁定至 pipelines/research-brief.pipeline.md，日期 2026-06-15。
UNITS.csv（6 个单元）
| 单元 | 阶段 | Skill | 状态 | Checkpoint |
|---|---|---|---|---|
| U001 | C0 | workspace-init | DONE | C0 |
| U002 | C1 | arxiv-search | PENDING | — |
| U003 | C1 | dedupe-rank | PENDING | — |
| U004 | C2 | taxonomy-builder | PENDING | — |
| U005 | C2 | outline-builder | PENDING | C2 (HUMAN) |
| U006 | C3 | snapshot-writer | PENDING | — |
Checkpoint 设计
- C0：自动通过（工作区已初始化）
- C2：撰写 prose 前需 HUMAN 审批（snapshot-writer 被门控）
决策日志
- C0 APPROVED：工作区已初始化，使用 research-brief pipeline。进入 C1（文献检索）。
搜索查询（6 个主查询 + 3 个辅助查询）
关键词：deep-sea megafauna metabolism, horizontal gene transfer marine invertebrates, oligotrophic adaptation deep sea, microbial energy metabolism genes metazoa, starvation resistance gene co-option, chemosynthesis-like pathways deep-sea animals。
结论
PASS — 工作区已初始化，含全部 7 个必需产物。Pipeline 正确锁定至 research-brief。6 单元执行计划遵循阶段合约。Checkpoint 门控正确实现：C2 HUMAN 在 C3 prose 之前待审批。DECISIONS.md 提供可审计的决策轨迹。所有文件位于 workspaces/deepsea-metabolism/（未触及仓库根目录）。