运行日志：nature-citation

执行元数据

• 案例：nature-citation
• 深度：L3
• 执行日期：2026-06-15（重新测试）
• 任务总数：4（citation）
• 重启次数：0
• 断点：无

执行背景

本次为重新测试。前次测试（2026-06-14）使用了早期版本的源码，当时 main() 函数中不存在此 bug。2026-06-15 的源码版本（2011行）引入了重构，导致第1976行出现未定义变量。

Bug 复现过程

步骤1：获取源码

# 源码位于 outputs/source/scripts/nature_citation.py
# 共2011行

步骤2：检查 main() 函数结构

main() 函数（第1948行起）的关键代码：

def main(argv: list[str]) -> int:
    args = parse_args(argv)
    segments = build_segments(args)
    dois = read_dois(args)
    # ...
    mapping, references, errors = process_segment_batches(segments, args, outdir, output_path)
    doi_candidates, doi_errors = fetch_doi_candidates(dois, args)
    all_errors.extend(doi_errors)          # 第1976行 — BUG: all_errors 未定义
    references = dedupe([*all_references, *doi_candidates])  # 第1977行 — BUG: all_references 未定义

步骤3：确认 bug

第1974行定义的变量是 mapping, references, errors，但第1976行引用了 all_errors（不存在），第1977行引用了 all_references（不存在）。这两个变量名是重构前的旧名称，重构后未更新。

步骤4：尝试执行

python nature_citation.py --text "test query" --scope nature --output-file test.enw

输出：

Traceback (most recent call last):
  File "nature_citation.py", line 2011, in <module>
    main(sys.argv[1:])
  File "nature_citation.py", line 1976, in main
    all_errors.extend(doi_errors)
NameError: name 'all_errors' is not defined

步骤5：逐任务执行

任务	命令	结果
task-medical-crispr	--text "CRISPR-Cas9..." --scope nature --from-year 2020	FAIL: NameError
task-physics-quantum	--text "Quantum computing..." --scope nature --from-year 2019	FAIL: NameError
task-chemistry-catalyst	--text "Palladium-catalyzed..." --scope nature --from-year 2019	FAIL: NameError
task-biology-scRNA	--text "Single-cell RNA..." --scope nature --from-year 2020	FAIL: NameError

所有4个任务在同一行（1976）以相同错误崩溃。

任务时间线

序号	任务	模块	状态	说明
1	task-medical-crispr	citation	FAIL	NameError: all_errors
2	task-physics-quantum	citation	FAIL	NameError: all_errors
3	task-chemistry-catalyst	citation	FAIL	NameError: all_errors
4	task-biology-scRNA	citation	FAIL	NameError: all_errors

异常

• NameError（致命）：nature_citation.py 第1976行 all_errors 未定义
• 同一文件第1977行 all_references 也未定义（次要，修复1976行后会立即触发）
• 所有4个任务因同一 bug 崩溃，无法产出任何有效结果